Tidytuesday - 2025-09-02

Observations des grenouilles en Australie

Source : australian.museum

Cette semaine, le tidytuesday porte sur des données d’observations de grenouilles en Australie, dont l’article est diponible ici

Pour cette première participation, je vais simplement créer une heatmap pour visualiser la densité des observations sur la carte de l’Australie. Pour cela, on aura besoin du package {leaflet} et {leaflet.extras}

Dans un premier temps, on va récupérer les données de la semaine.

library(tidytuesdayR)
library(dplyr)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)

tuesdata <- tt_load("2025-09-02")

frog_id <- tuesdata$frogID_data

L’étape de transformation de données sera assez simple :

• Nettoyer les noms de colonnes

• Compter le nombre d’observation pour chaque combinaison de coordonnées

df <- frog_id %>% 
  select(lat = decimalLatitude, 
         lon = decimalLongitude,
         name = scientificName) %>%
  group_by(lat, lon) %>%
  count()

Pour le plaisir, je rajouterai les provinces du pays sur la carte.

Ensuite, il suffit de créer la carte avec `leaflet()`.

# Créer le nom des provinces
aus_provinces <- data.frame(
  name = c("New South Wales", "Victoria", "Queensland", "Western Australia",
           "South Australia", "Tasmania", "Northern Territory"),
  latitude = c(-32, -36.5, -25, -26, -30, -42, -20),
  longitude = c(151, 145, 148, 117, 137, 147, 131)
)


leaflet(df) %>%
  addTiles() %>%
  addHeatmap(
    lng = ~ lon,
    lat = ~ lat,
    intensity = ~ n,
    blur = 1,
    max = 10, 
    radius = 15
  )  %>%
  addLabelOnlyMarkers(
    lng = ~ aus_provinces$longitude,
    lat = ~aus_provinces$latitude,
    label = ~ aus_provinces$name,
    labelOptions = labelOptions(noHide = TRUE, direction = 'auto', textOnly = TRUE)
  )

Cette carte permet de voir facilement que la côte Ouest a une densité d’observation bien plus importante que le reste du pays, principalement autour de Syndey et Melbourne, avec également un grand nombre d’observations autour de Perth à l’Ouest.